Tras comprobar que los sistemas anti-colisión funcionaban bien, cobra peso la hipótesis que hace recaer la culpa sobre Skyguide. La Oficina federal alemana de Investigación de Accidentes Aéreos (BFU) ha hecho saber que los sistemas automáticos anti-colisión con los que estaban equipados los dos aviones que chocaron el pasado lunes sobre cielo alemán funcionaron correctamente. Esta comprobación corrobora la hipótesis de que los pilotos fueron advertidos a tiempo del peligro y recibieron indicaciones sobre los cambios de altitud necesarios para evitar la colisión por parte de sus TCAS y hace recaer la culpa sobre la empresa Skyguide y los controladores que se encontraban a cargo del espacio aéreo en aquel momento. Según una teoría del BFU, el choque se produjo porque la torre de control de Zúrich dio a uno de los aviones una orden distinta a la que éste se disponía a ejecutar siguiendo el sistema automático a bordo.

Las partes reconstruidas de las cajas negras de ambos aparatos revelan que 45 segundos antes del choque, el TCAS del Túpolev instó al comandante ruso a aumentar la altitud del vuelo, mientras que el del Boeing exhortaba a su piloto a hacer precisamente lo contrario, es decir a descender.

Sólo un segundo después, 44 segundos antes del siniestro, el Tupolev recibió la orden inversa desde la torre de control, es decir, que descendiera. Cuando habían pasado catorce segundos desde la primera orden, el controlador la indica de nuevo y el piloto se vio obligado a obedecerle, arrollando con la maniobra al Boeing.

Por otro lado, hoy se ha sabido que el controlador que dio la orden, un hombre de 37 años de nacionalidad danesa, se encuentra en tratamiento psiquiátrico.